| 根据《广州市轨道交通线网规划深化研究》最新方案，十三号线西起白云区朝阳，经荔湾区、越秀区、天河区、黄埔区，最后到达增城区新塘镇象颈岭。线路全长约56.2km，共设29座车站，其中换乘站13座，平均站间距约2.32km。首期：鱼珠至增城新塘段，线路长28.3公里。主要功能为对接穗莞深城际线，加强东部地区与中心城区的联系。二期：鱼珠至朝阳段，全长31.5公里。主要功能为与首期共同构建城市东西快线，加强城市东西部区域与中心城区联系。
1.【鱼珠站】 车站位于茅岗立交南侧的鱼茅路下，车站北侧设折返线，本站与五号线成十字换乘。十三号线车站共设3个出入口，其中1个为远期预留出入口，2组风亭，位置于规划的鱼茅路东、西两侧。站位北侧主要的建筑物有茅岗立交、富豪家私城、石材加工厂及商铺；车站南侧有鱼木小区、广州市晨钢贸易有限公司钢材仓库及废品回收站。
2.【丰乐路站】 本站位于丰乐路与规划海员路交叉路口下，车站沿海员路东西走向布置，为地下两层岛式车站。车站站位所在为黄埔港露天货场，站址西侧为广州港务局黄埔港务公司保养站，南侧为黄埔港及广州黄埔港务公司，东面有金逸雅居、悦涛雅苑。本车站共设置3个出入口通道； 其中ⅰ号出入口设在海员路北侧；ⅱ号出入口设在丰乐路东侧；ⅲ号出入口设在丰乐路与海员路交叉口西北侧。所有出入口均按有盖出入口考虑。车站共设2组共8个风亭，车站1号风亭设在海员路南侧广州港务局黄埔港务公司保养站前；2号风亭设在丰乐路与海员路交叉口西北侧。
3.【文园站】 本站位于黄埔东路(107国道)南侧，地块的地形较平整。双岗村的西侧，沿黄埔东路呈东西走向。站位上为密集的双岗村民建筑群（密集的2-4层房屋），西北侧是在建的高层住宅楼--东港花园，东北侧为广州文冲船厂生活区，东南侧为双岗村，西南侧有个石化加油站。车站主体位于黄埔东路与文船路交叉口处，站位所处107国道规划路面宽度约为60m（含中间绿化带），为双向八车道。 在黄埔东路南侧，停车折返线位于车站东侧。该方案共设置6个通道及6个出入口（其中预留3个通道及3个物业出入口），其中ⅰ号出入口位于黄埔东路南侧，文船路西侧，与brt、黄埔客运站换乘最近出入口；ⅱ号出入口位于黄埔东路南侧，双岗村的西侧，ⅲ号出入口位于黄埔东路北侧，红山街道办事处大楼的前面。
4.【庙头站】 本站位于黄埔东路南侧的空地上，线路在该段的走向基本为东西走向。本站为地下车站，采用岛式站台。本站北面为黄埔东路，南边为南海神庙，西边为庙头综合市场，东边为农业银行及农村信用合作社。 庙头站位于黄埔区黄埔东路和电厂西路交叉口，全长266米，站位北面为黄埔东路，南边为南海神庙，西边为庙头综合市场，东边为农业银行及农村信用合作社，车站为地下二层岛式站台车站。设有三个出入口和一个紧急疏散出口。
5.【夏园站】 本站位于黄埔东路北侧下方，线路在该段的走向基本为自西向东。为地下二层岛式站台车站，本站西面是brt夏园站,北面是丽晶酒店、夏园村委会商旅楼、新起点酒楼，东面是开发大道立交。本站共设置3个出入口，黄埔东路北面2个，南面1个。
6.【南岗站】 南岗站及站后折返线位于南岗镇黄埔东路（107国道）路中，线路在该段的走向基本为西南-东北走向。本站为地下二层车站，采用岛式站台。107国道为双向六车道国道线，是广州至深圳的主要交通干线。来往车流量大，交通较顺畅。公路南侧主要是商店、公交车场、居民住宅楼，楼层多为2-5层，北侧主要是尚品居小区等中高层建筑，东北侧是南岗山公园。折返线终点端处，沿江高速高架桥与地铁线路呈约85度交角，从车站上方跨过。地下一层站厅层公共区设有四个出入口，设备管理用房设有一个紧急疏散出口。
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